补充协议效力大于合同效力。但是补充协议仅在被补充范围内效力大于主合同，在其他未做变更的合同内容，在补充合同中并未做规定，也就不存在效力大小争议，应当以主合同为准。
【法律依据】
《中华人民共和国民法典》第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
《最高人民关于适用〈中华人民共和国民法典〉有关担保制度的解释》第二条
当事人在担保合同中约定担保合同的效力于主合同，或者约定担保人对主合同无效的法律后果承担担保责任，该有关担保性的约定无效。主合同有效的，有关担保性的约定无效不影响担保合同的效力；主合同无效的，人民应当认定担保合同无效，但是法律另有规定的除外。
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